A igreja matriz de São Sebastião foi construída em finais do século XV, apresentando um estilo gótico tardio pouco comum na ilha, com destaque para os frescos, únicos em todo o arquipélago. O seu interior foi consumido por um grande incêndio em 1789, tendo as obras de recuperação sido concluída em 1795. Nesta campanha, foi coberta grande parte da estrutura original em pedra, assim como muito das pinturas até então existentes nas paredes, tendo-se-lhe banalizado o frontispício. Apenas na segunda metade do século XX, a partir de 1964, é que se iniciou uma intervenção de restauro, por iniciativa da então Direção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais. O templo destaca-se pelos seus portais manuelinos e arcos e abóbadas nervurados. O portal, que data de finais do século XV, apresenta-se em ogiva assente sobre colunelo de capitéis lavrados, onde se destaca uma ornamentação vegetal. As duas portadas laterais datam do mesmo período. É um templo de três naves, uma central e duas laterais, separadas por seis arcos de volta perfeita e de aresta chanfrada, que assentam em colunas de fuste cilíndrico, capitéis e bases simples. A nave central, a mais alta, era iluminada por três pequenas frestas de cada lado. Entaipadas na campanha de 1789, foram recuperadas nos nossos dias. Ao centro da capela-mor, encontra-se a imagem de Nossa Senhora da Conceição, ladeada pelas imagens de São Sebastião e de São Bartolomeu. Na nave do lado do evangelho, ao fundo, encontra-se a capela do Santíssimo e, na parede lateral, as imagem do Senhor dos Passos e a do Senhor Jesus do Bom Fim e Almas. Na nave do lado da epístola, destaca-se um raro conjunto de frescos tardo-medievais, constituídos por cinco painéis, descobertos em 1935 pelo então vigário Joaquim Esteves, até então cobertos por cal. O primeiro representa São Matinho, o segundo Santa Bárbara, o terceiro a aparição de Jesus a Maria Madalena (sendo o único em que se lê uma legenda que refere «Dyse Xpõ a Madalena melhor nõ me toques»), o quarto São Sebastião e o quinto São Joaquim e Santa Ana.